O primeiro Acordo de pescas com a Guiné-Bissau data de 1980. O atual Protocolo de Pesca, celebrado entre a União Europeia e a Guiné-Bissau, abrange o período de 16 de junho de 2007 a 15 de junho de 2011, com uma contribuição financeira de € 7.500.000, dos quais 2.950.000 euros destinados ao apoio à política de pesca da Guiné-Bissau. Em 10 de fevereiro de 2012, a União Europeia e a República da Guiné-Bissau rubricaram um novo Protocolo de Pescas, para vigorar  por um período de 3 anos, a partir de 16 de junho de 2012.Este Acordo insere-se no conjunto de acordos de pesca atuneiros, negociados com países terceiros da África Ocidental, permitindo aos navios europeus (Espanha, França, Grécia, Itália e Portugal) pescar nas águas guineenses.